香港政府部門將12個方面的環境評估交予不同的第三方咨詢機構進行，并公布中標咨詢機構的名單和資歷，力求獲得全面和專業的意見。比如專門評估噪音影響的URS，有專業團隊測評機場及航空噪音管理，已為全球超過10個機場做過噪音研究。第三跑道的環評總顧問，是1987年便為中國大型基建工程做環評顧問的莫特麥克唐納（Mott　MacDonald）。與此同時，政府還安排了另一家公司擔任環評檢討顧問，避免“一言堂”。在香港，要完成一項大型基建，前期評估和調研需要花掉近1/4的時間。

6月28日，香港機場管理局舉行了兩場關于第三跑道環境評估的論壇，共有逾700名市民出席。香港可持續發展研究中心的首席研究員簡浩然也參與了其中一場公眾論壇。“當天很多環保團體和民眾都提了不同的問題，也有專家在場詳細解答了疑問，大家的關注點主要是空氣質量和填海對中華白海豚的影響。”簡浩然說。

環評報告的結論是，第三跑道工程對周邊環境污染不會增加，對中華白海豚和鷺鳥林的影響也可以接受。環評報告一并建議，在跑道以北設立2400公頃的新海岸公園，彌補跑道工程對生態造成的損失。

當然，仍然有環保團體對此結論表示不滿。海豚保育學會會長洪家耀就指出，中華白海豚喜愛在大嶼山北面和西面游弋，雖然海豚可以游走避難，但附近的珠江口水域中，香港已是橋頭堡，給中華白海豚的退路不多。洪家耀表示，2003年在港棲息的白海豚數量高峰期可達145條，但現在觀察到的不足70條。興建第三跑道會令海豚在大嶼山北面海域絕跡。

對此，機管局負責建筑工程環保事務總經理李仲騰回應稱，參考上世紀90年代興建香港國際機場的經驗，白海豚會在工程進行期間游到其他水域活動，待工程完成后，又會回來。環評報告建議在施工時采用免挖方法，避免撞擊式打樁和水底爆破，減低對海床的干擾。建議還指，避免在3月至6月中華白海豚的生育高峰期進行部分打樁工程，同時，對施工期間工程船只的航速亦有限制。

 
　
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