另一個值得注意的特色，在于類似B—2的發動機艙設計。這種設計的目的，是為了讓深入機身的發動機不容易被雷達或前視紅外線從前后“看到”，同時也可以減低機身的紅外線以及音響跡訊。機尾的噴嘴后方，發動機噴氣還要經過兩個凹槽，與B—2相同，可以利用這些線條產生的渦流，快速的讓發動機熱排氣與冷空氣混合。以隱身的效果而言，YF－23的這種設計，比YF-22要優秀。
