2002年12月21日,復興航空編號B-22708的貨機,執飛GE791航班,在臺北時間01:52時,于飛航途中機翼遭嚴重積冰后,在馬公西南方約17公里處墜海失事,機上駕駛員2人皆失蹤。
2014年7月23日,復興航空的一架機號為B-22810的ATR 72-212A在馬公機場大雨及疑似受麥德姆臺風影響,班機向塔臺要求重飛后于澎湖縣湖西鄉西溪村重飛失敗。
2015年2月4日,復興航空的一架機號為B-22816的ATR 72-600在臺北松山機場10時45分起飛后,10時55分擦撞福爾摩沙高速公路環東大道高架橋導致墜河。已造成19名旅客遇難。