2003年，全美航空停止美國國內線免費供餐服務，旅客必須付費購買飛機上的餐點。目前在大部份700哩(1126公里)以上的航班都可以買到三明治和生菜沙拉。
為了進一步改善財務狀況，匹茲堡樞紐正式于2004年關閉，并開始使用由西南航空引入的多點直飛模式，取代原本中心輻射型(hub-and -spoke)的營運模式。事實上，在1980年代中期以前，美國大部份航空公司都使用多點直飛。目前全美航空提供美國東岸的主要機場點對點直飛班機，例如華盛頓雷根國家機場、紐約拉瓜地亞機場以及勞得岱堡─好萊塢國際機場。其他航空公司在這些航點之間并未提供頻繁的直飛班次，大城市間的直飛班次帶來較高利潤，因此全美航空的營運狀況得以改善。
2004年5月4日，全美航空成為星空聯盟的第15個成員。
然而，高油價以及勞資雙方談判破裂使得全美航空在2004年9月12日再度進入破產保護程序。員工的普遍不滿和異常增加的病假人數造成 2004年圣誕節假期期間執勤員工不足，這次事件使得全美的營運雪上加霜，甚至有報導臆測全美航空可能會清算結束營業。美國運輸部最后發現是全美航空的管理階層能力不足，而造成公司面臨關門危機。
美西航空入主與進一步擴張2005年至今
2005年5月19日，全美航空集團宣布以15億美元代價與亞利桑那州的美西控股(美西航空母公司)合并，美西航空在美國西部的航線與全美航空現有美東、加勒比海及歐洲航線有互補效應，新公司名稱仍為全美航空，航線遍布全美。
新的全美航空的管理階層由美西航空班底接手，總部也由夏洛特搬到亞利桑那州的潭蓓。整個接手的時程約18至24個月，預計到2007年完成合并，美西航空和全美航空將會使用同一張營運執照。
2005年9月13日，美西控股95.5%股東同意買下全美航空。
2005年9月15日，破產法院宣布全美航空于2005年9月27日起脫離破產保護。脫離破產保護當日，二家控股公司完成合并，新公司宣稱自己為全世界最大的廉價航空公司。2006年1月起，美西航空在各航站的柜臺改掛全美航空商標。2006年2月9日，全美航空成為美國較有歷史的航空公司中使用巴西航太190型客機的第一家。2006年5月，美西航空和全美航空的網站合并，新接口使用不同的圖像表示全美控股集團下不同航空公司的班機； 7月，全美航空再向空中公共汽車公司訂購21架A-350型客機。
2006年11月15日，全美航空集團提出與達美航空合并的計劃，收購價為約80億美元，以現金與全美航空股票各支付一半。12月19 日，達美航空的債權人及破產法院否決了此項并購案。2007年1月10日，全美控股提高了收購價，將以50億美元現金及8億9千5百萬股全美航空股票，總價約在102億美元(依2007年1月9日收盤價計算)收購達美航空。1月31日，全美航空宣布放棄并購計劃。
