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美國空軍正在投入資金修復F-35戰斗機外部支持系統的網絡安全漏洞，這些漏洞被認為是黑客入侵F-35戰斗機的最簡單的入口。美國空軍F-35集成辦公室主管斯蒂芬·約斯特表示，F-35是一種基于軟件的飛機，而任何基于軟件的平臺都會受到黑客的攻擊。
由洛克希德·馬丁公司管理的“多層安全保護”的飛機信息主干網絡相對安全。但是，自主式后勤信息系統(ALIS)，基于網絡的F-35飛行模擬器都可能成為黑客入侵的目標。此外，為了便于維護引入的無線應用程序也帶來了必須解決的新漏洞。
