在2018年，F-35項目轉向了敏捷軟件開發模型，該項目名為“持續能力開發和交付”(C2D2)。據項目負責人透露，他們的目標是更快地推出漸進式的軟件改進和對過去缺陷的修正，而不是每年進行一次大規模的更新。然而，五角大樓的獨立武器試驗主管羅伯特·貝勒(Robert Behler)在作戰試驗鑒定辦公室(Operational Test and Evaluation office) 1月30日發布的年度報告中表示，目前的C2D2計劃是“高風險”的，并表示該計劃辦公室很難按計劃進行。“目前的持續能力開發和交付(C2D2)過程未能跟上計劃中能力的增加……旨在引入新功能或修復缺陷的軟件更改通常會帶來穩定性問題，并對其他功能產生負面影響。”在C2D2架構下，F-35將每六個月接收一次軟件更新。這使得測試新代碼的時間所剩無幾，常常導致在該領域發現“重大”bug。為了證明新的軟件，項目辦公室打算更多地依賴建模和仿真工具，比如模擬高端威脅的聯合仿真環境。然而，DOT&E報告指出，五角大樓需要為這些仿真工具提供足夠的資金，但在撰寫報告時，F-35現有的實驗室和仿真環境沒有發生重大變化。

     F-35的后勤系統名為“自主保障信息系統”(ALIS)，用于包括任務規劃、訂購部件和診斷維修問題等的諸多功能。雖然ALIS在整體功能上有了一些改進，但它仍容易出現故障，處理速度也較慢。F-35項目辦公室打算在未來幾年內從ALIS過渡到一個名為“使用數據集成網絡”(ODIN)的云原生后勤系統。聯合項目辦公室在1月21日的一份聲明中指出，與由洛馬公司開發的ALIS不同，ODIN將由政府所有，并由國防部和洛馬公司共同開發，第一批ODIN硬件預計將于今年交付。完整的ODIN能力將于2022年12月部署。DOT&E的報告贊揚了F-35項目通過ODIN和一個名為“瘋帽子”(“Mad Hatter”)的敏捷軟件開發項目采取了一些“創新的方法”，但同時也質疑該項目是否在這些方面投入了足夠的資金。

    與此同時，盡管更新帶來了改進，但ALIS仍然受到各種問題的困擾。報告認為:“ALIS的使用效率仍然很低，使用起來很麻煩，仍然需要使用大量的變通方法，數據的準確性和完整性仍然存在問題，還需要支持人員花費過多的時間。”“其結果是，它沒有有效地支持預期的架次出動率和飛機可用性。用戶仍然對ALIS的功能和穩定性缺乏信心。”雖然用戶報告某些功能(如飛行員匯報或從便攜式存儲設備提取推進系統數據)的處理速度更快，但其他功能的響應速度變慢了。

    此外，一個新的軟件更新版本，ALIS 3.5，原計劃在去年10月發布，但由于一些缺陷被推遲到2020年1月。部署完畢后，ALIS 3.5可能有助于改進F-35隱形涂層的評估，并降低從生產型飛機檢查報告系統處理數據的時間。

    DOT&E敦促F-35項目做更多的工作來糾正ALIS的電子設備日志數據，這些數據通過供應鏈跟蹤備件，經常包含需要維修人員在現場糾正的錯誤。報告發現，這個過程仍然是“ALIS的一個主要不足，用戶投訴的頻繁來源，和管理員的一個主要負擔”。

    去年，美國國防部宣布，將推遲F-35戰斗機的全速生產決定。盡管洛克希德公司已經在以所謂的“全速”生產F-35(2019年交付了134架噴氣式飛機)，但國防部對全速生產的正式批準是一個重要的、象征性的標志，表明該項目已經通過了作戰試驗并已經成熟。

    問題是，只有F-35在聯合模擬環境中完成試驗才能完成作戰試驗。聯合模擬環境允許國防部在一系列高威脅場景中對F-35進行模擬評估。根據DOT&E的說法，JSE要到2020年7月才能準備好。F-35項目辦公室正朝著這個時間表邁進。貝勒認為，“JSE團隊一直在按照計劃的時間線進行工作，有望在為今年夏天的作戰試驗提供一個模擬器。”