正駕駛員向登巴薩機場空管通話：由于儀表讀數故障，緊急喊話PANPAN（民航標準通話，表示緊急情況），并申請主跑道航向，副駕駛員執行了3個非正常檢查單，但是沒有包含降落最近合適機場的計劃。

這次飛行的剩下旅程并不平靜。飛機在15點56國際標準時間降落在雅加達機場，停機后，正駕駛員通知地勤工程師解決問題，并在飛機飛行維修記錄上記錄了空速和高度不一致，以及操縱桿力不一致問題。

地勤工程師清洗了做皮托管大氣數據模塊和靜壓大氣數據模塊（這二者一個是動壓，一個是靜壓）以確實空速和高度數據不一致問題，也進行了地面測試，最終結果滿意（意味著空速表和高度表沒有問題）。

對于操縱桿力不一致問題，地勤工程師清洗了升降舵桿力計算機，地面測試后發現，問題得到解決。

在2320國際時間（雅加達當地時間10月29日0620），飛機從雅加達起飛，目的地是馬來西亞的檳城，飛機飛參記錄儀記錄了左右攻角傳感器讀數大約20度差異，而且一直延續到了盡頭。

從飛機跑道滑跑開始，而且在這次飛行大部分時間內左駕駛桿不斷抖動。

在這次飛行中，副駕駛向空管詢問過飛機的高度，之后還有空管雷達顯示的速度數據，副駕駛報告遇到飛行控制問題。

襟翼收起后，飛參記錄儀記錄了機組人員拉高機頭之后，多次發生自動飛機低頭動作，當襟翼放出之后，飛機的自動低頭動作停止。

當襟翼收起到0位，飛行員和飛機陷入了低頭和抬頭的大戰中，一直持續到了航班的最后時刻。

國際時間23:31:54 飛參記錄儀停止記錄（飛機墜毀了）。

事故調查報道發布之日，座艙語音記錄儀尚未找到，整個調查通過波音工程模擬機模擬攻角傳感器和飛機模擬機進行。

調查使用高速記錄儀數據用于事故分析，調查人員包含了美國交通運輸部事故調查組NTSB、制造商，新加坡和澳大利亞也提供了技術支持。

黑盒子數據透露的獅航空難全過程

以下時間如無特殊說明，都為國際標準時間：

23：20，飛機從雅加達機場25L跑道起飛，準備爬升到27000英尺（9000米）的巡航高度。LNI601航班駕駛員使用了ABASA1C4機載增強系統的標準儀表飛行程序。
　
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